鞭毛马达由质子动力驱动，质子动力是一个比较新的概念，它的原理就是细胞通过新陈代谢产生浓度梯度，质子天然会从浓度高的区域通过细胞膜转向低浓度区域，而质子跨膜过程会经历势能转化，生物可以利用这个制造ATP。

　　对于鞭毛马达而言，定子结构负责将质子输送过膜，这个过程中产生的力矩使转子旋转（大多细菌输送的是氢离子，有一些则输送纳离子），并带动鞭毛。

　　转子本身的转速可以达到每分钟6000至100000次，但如果鞭毛上拥有鞭毛丝的话会大大降低鞭毛的实际转速。

　　也正因为它转速非常快，所以细菌的移动速度实际上非常快，每秒能达到 60个体长（也就是身体长度的60倍），作为对比，猎豹的最快速度是每秒25个体长。

　　鞭毛马达是一个相当复杂的结构，它只有当所有这些蛋白质都到位时才能运行，所以一些人认为生物不可能通过进化获得这种结构，它甚至已经成为创造论者的“吉祥物”。

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